La ermita comenzó a construirse en el año 1557 con la intención de solicitar la intercesión del santo ante la grave epidemia de peste que padecía la zona. Se terminó su construcción en 1559, procediéndose a la bendición de la ermita el mismo día de la celebración de San Roque, el 16 de agosto. Pronto la ermita se quedó pequeña y fueron necesarias ampliaciones y reformas, que se sucedieron entre 1595 y 1599, y fueron realizadas por un grupo de maestros franceses.

La Guerra de Sucesión, deterioró considerablemente la ermita, perdiendo prácticamente todo el patrimonio artístico que contenía. Se comenzaron las obras de reconstrucción en 1718, momento en el que se construyó también una nueva casa para el ermitaño, así como una sacristía en el piso superior. Pese a que se trató de conservar mediante reformas y mejoras, con la guerra del 36 se produjo su destrucción, y pese a realizarse su reconstrucción tras la contienda, se dejó sin mantenimiento lo que provocó que a finales del siglo XX su estado de conservación fuera deplorable, por lo que fue necesaria su restauración completa.

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