Su origen lo marca el Castillo de Polpis, cuyo territorio fue donado por Alfonso II a la Orden del Temple en el 1189. Tras la Conquista Jaume I lo entrega a la Orden de Calatrava. Es otorgada carta de población en 1287 por el Maestre de la Orden del Temple. Pasa a la Orden de Montesa, y en época contemporánea pertenece al municipio de Alcalà de Xivert hasta que se constituye en municipio en 1812.
Tuvo como primer antecedente poblacional el castillo de Polpís - del cual sólo conserva una parte de la torre del Homenaje, la puerta principal y algunos lienzos de murallas- y en el pequeño caserío situado a los pies de aquél. En enero de 1190 fue donado por Alfonso II a los templarios, a pesar de que aún estaba en poder de los musulmanes. Conquistado en 1233 por el Maestre del Temple, se le concedió carta de población en febrero de 1287, a fuero de Valencia. Al integrarse en la Orden de Montesa, sucesora del Temple en la Corona de Aragón, Polpís pasaría a formar parte de la encomienda de Alcalá de Chivert. El pequeño enclave de Polpís tenía 30 casas en el año 1329, y en 1845 llegó a tener 160.
El castillo de Polpis situado 2 kms al este de la población, es montano y de origen musulmán. Conquistado por Jaime I en 1233 a raíz de la conquista de Peñíscola, población vecina de Santa Magdalena de Polpis. Más tarde en el año 1169 pasó a manos de la Orden de los Templarios, entre 1190 y 1233 fue reconquistado por el Islam, pasando de nuevo a la Orden del Temple y a consecuencia de la disolución de ésta, recaló en manos de la Orden de Montesa en 1317. Después de la conquista los pobladores del castillo se trasladaron al llano al pie del monte Pulpis donde actualmente se encuentra el casco Urbano.
Hoy día Santa Magdalena, se ha convertido en un pueblo próspero, basando la economía tradicionalmente en el sector primario la agricultura (cultivos de almendros, algarrobos y olivos, en el secano, y de hortalizas y cítricos en el regadío), y la ganadería (ovina, porcina y avícola).El sector Industrial de la piedra, fundamentalmente la extracción y transformación de caliza marmórea, y la última década con industrias de prefabricados de hormigón y extracción de áridos.
